2017年12月7日，中科院第12次院长办公会议审议通过海西创新研究院实施方案、福建物构所和城市环境所两所融合方案和国科大福建学院建设方案及共建协议。 

　　2018年1月26日，中科院发布《关于批准筹建种子创新研究院和海西创新研究院的通知》，正式批准筹建海西创新研究院。依托福建物构所，筹建海西创新研究院，筹建期自2017年12月至2019年12月。 

　　2018年5月3日至5日，中科院海西创新研究院在厦门召开战略研讨会，探讨推进两所融合发展的体制机制创新改革。 

　　2018年5月15日，中科院上海分院分党组受中科院党组委托，在厦门召开城市环境所和福建物构所领导人员调整宣布大会。 

　　2018年6月19日至20日，中科院党组成员、秘书长邓麦村赴海西研究院（福建物构所），就落实“率先行动”计划、研究所分类改革、海西创新研究院建设发展等进行工作调研。 

　　2018年7月25日，成立两所融合领导小组和工作小组、第一届两所联合学术委员会、第一届两所联合工程技术专门委员会。 

　　2018年8月3日，下发《福建物构所与城市环境所融合发展基金项目实施细则》的通知。 

　　2018年10月17日至18日，中科院党组成员、副院长李树深赴福建物构所、城市环境所，就研究所四类机构改革、两所融合发展、海西创新研究院建设发展等进行工作调研。 

　　2018年12月29日，下达《2018年福建物构所与城市环境所融合发展基金项目计划和经费（第一批）》的通知，将“废弃光伏组件与稀土永磁材料中稀贵金属及稀土材料的回收再利用”等7项项目列入2018年第一批两所融合发展基金项目计划。 

　　2019年3月28日，第一届理事会成立大会暨第一次理事会会议在福州举行。中科院副院长、党组成员、海西创新院理事会理事长相里斌出席会议，并与海西创新院筹建工作组组长曹荣一同为海西创新院揭牌。

　　2019年7月2日至3日，中国科学院副院长、党组成员张亚平赴中科院海西创新研究院（福建物构所、城市环境所），结合院党组“不忘初心，牢记使命”主题教育工作部署开展调研，旨在了解科技成果转化中存在的问题，帮助创新院推动科技成果取得更好、更广泛地应用。

      2019年9月10日，由海西创新研究院牵头建设的中国福建光电信息科学与技术创新实验室正式启动，福建省委书记于伟国为福建光电创新实验室授牌。

　  2020年6月11日，中科院海西创新研究院召开2020年度工作会议，中科院重任局、前沿局、科发局、条财局、人事局、国际合作局以及福建物构所、城市环境所、13家共建单位的领导、专家和代表共计80余人参加了会议。