结构化学国家重点实验室前身为著名化学家卢嘉锡院士创建的福州结构化学开放实验室，是1985年中国科学院首批建立的开放实验室之一，1992年2月经国家计委批准，开始筹建国家重点实验室，1994年10月通过国家验收。

姚建年院士任实验室第七届学术委员会主任，学术委员会由结构化学领域著名的专家学者15人组成，其中中国科学院院士8人和中国工程院院士1人。万惠霖院士任实验室第一届专家委员会主任，专家委员会由5位中国科学院院士组成。郭国聪研究员任实验室主任，苏伟平研究员任实验室副主任，实验室现有固定人员52人，其中研究员35名。

实验室以“实验与理论、化学与物理（以及其它非化学学科）、结构与性能、静态与动态、基础与应用”五重双结合的科学方法，开展现代结构化学研究方法在新功能材料探索中的应用，合理合成新型化合物，在原子和分子水平上研究新型化合物的分子和电子结构及其与宏观性能之间的关系规律，探索其应用前景，引领国内外功能材料的结构化学学科发展，成为国内外结构化学基础研究创新平台。 

实验室认真执行“开放、流动、联合、竞争”的方针和《国家重点实验室建设管理办法》，以“团结、求实、创新、奉献”的精神指导实验室的日常研究工作。在科研工作、队伍建设、对外开放、人才培养以及学术交流等各方面都取得了显著成绩。先后在1995、1999、2004、2009年国家对化学类国家重点、部门开放实验室的评估中均被评为良好实验室，1999年进入中国科学院“知识创新工程试点”。