结构化学国家重点实验室前身为著名化学家卢嘉锡院士创建的福州结构化学开放实验室，是1985年中国科学院首批建立的开放实验室之一，1992年2月经国家计委批准，开始筹建国家重点实验室，1994年10月通过国家验收。
　　实验室以结构化学基础研究及其应用为总体方向，通过建议和承担国家重要科技任务，利用结构化学方法，合理合成新型化合物，在原子和分子水平上研究化合物的分子和电子结构及与宏观性能之间的关系规律，达到以结构变化实现对性能的调控，并根据研究结果来设计、制备新材料，缩短研制新材料的周期或对原有材料改良的过程，为我国新型功能材料的研制提供不竭的创新源泉。
　　结构化学国家重点实验室是国内最早、研究综合实力最强的从事结构化学基础研究的机构，是我国结构化学的重要研究基地。特别是自九十年代以来，围绕学科前沿及国家需求，在结构化学领域开展了广泛深入的研究，在国际学术界享有良好的声誉，并已占有重要的一席之地，不仅为结构化学学科的发展，也为我国在该学科领域进入国际先进行列作出了重要贡献。先后在1995、1999、2004、2009、2014年化学类实验室的评估中均被评为良好实验室。