标识中三个菱面代表我所三个研究领域：结构化学、晶体材料和应用化学。中心辐射的三条白线代表激光、X射线和光谱线，也代表科学研究面向世界、面向建设、面向社会的宗旨。图形中心"Y"是"育"的拼音字首，代表我所培育新人的任务。"FJIRSMCAS"是所名的英文缩写。